In Aquanox Deep Descent haben Spieler sechs Hauptwaffen zur Verfügung. Jede dieser Waffen hat besondere taktische Möglichkeiten, und kann mit verschiedenen AOE, DOT und Zieleffekten erweitert werden.
Der Torpedowerfer, in all seinen Varianten, verursacht starken Schaden am Rumpf des Schiffes. Muntitionsmenge, Höchstschaden oder Zielfähigkeit - den richtigen Torpedowerfer auszuwählen, ist essentiell für die perfekte Schiffskonfiguration.
Die Schrapnell-Kanone, erstmals von russischen Ingenieuren als „Kaban2000“ vorgestellt, ist verheerend aus nächster Nähe. Ihrem weiten Kegel aus beschleunigtem Metallschrott entkommt kaum ein Feind.
Ein Muss in jeder Schiffskonfiguration. Schwere Maschinengewehre bieten fast verzögerungsfreie Feuerkraft aus mittlerer bis weiter Distanz. Sie bieten sich besonders an, um das Schutzraster des Feindes niederzuringen, um dann den Schiffsrumpf mit einem Torpedo zu zerstören.
Von seinen Fans liebevoll „Gooey“ oder „Sticky“ genannt. Dieser Repetierer feuert Kanister voller verschiedener bio-chemischer Flüssigkeiten, die an der Hülle des feindlichen Schiffs kleben bleiben und simultan detoniert werden können.
Die Sekundärwaffen in Aquanox Deep Descent ergänzen die Primärwaffen-Konfiguration des Schiffes und erlauben es, den eigenen Spielstil zu unterstützen. Automatische Sekundärwaffen erzeugen weniger Schaden, zielen aber automatisch, wodurch sich der Pilot auf Ausweichmanöver konzentrieren kann. Manuelle Sekundärwaffen erweitern die taktischen Möglichkeiten oder erlauben schlicht möglichst viele Waffen auf einmal abzufeuern, und den Feind mit einem Schlag in die Tiefe zu schicken. Taktische Waffen wie Mörser (für Angriffe von oben) oder verschiedene Minenarten (um Verfolger abzuschütteln) erlauben es, den Feind sowohl in der Einzelkampagne, als auch im Mehrspielermodus, gehörig zu überraschen.